Las nuevas armas genómicas contra la variante ómicron (eso también es tecnología)

Durante la pandemia no hemos celebrado lo suficiente algunos avances técnicos, como las máquinas que leen genomas, que ayudaron a traer las primeras vacunas y ahora vigilan los trucos del virus y sus mutaciones

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El País- Kiko Llaneras

El domingo, un pasajero llegó a Madrid infectado por un virus bajo vigilancia. El caso lo detectó un cribado de antígenos en el mismo aeropuerto, y en apenas 24 horas un análisis genómico confirmó que se trataba de la variante ómicron, que tres días antes ni tenía nombre. La escena suena casi rutinaria, pero esconde tecnologías imposibles hace una década.

Durante la pandemia hemos agradecido tener médicos y científicos, pero nos olvidamos de celebrar ciertos avances técnicos. Imaginad lo que hubiesen sido estos dos años sin PCR, sin vacunas de ARN, o sin las máquinas que descifran genomas. Estos días vemos a los países tomar precauciones porque se ha detectado una mutación preocupante. Nos parece lo normal, pero esto es nuevo: aunque los virus mutan desde que en la Tierra existe vida (o no vida), solo hace dos décadas que los humanos somos capaces de verlo.

“La primera bacteria se secuenció en 1996″, me contaba Iñaki Comas, biólogo del Instituto de Biomedicina de Valencia (CSIC). “Las nuevas tecnologías que permiten un análisis masivo empiezan en 2005. Pero su uso en epidemiología de patógenos comenzó a despegar hace diez años y definitivamente hace cinco”.

Nunca se había seguido un virus como ahora. Hay decenas de países tomando millones de muestras y analizando su genoma completo (el conjunto de letras que lo define, con todas sus mutaciones). Esa información se comparte luego en bases de datos abiertas, como Nextstrain o Covariants, para escrutar sus cambios y seguir su propagación espacial y temporal. En Dinamarca, que es uno de los países de referencia, están secuenciando el 80% de todos los casos conocidos de covid, hasta 10.000 secuencias por semana.

La variante ómicron se ha detectado así. Unos científicos de Sudáfrica vieron subir los casos y al secuenciar el virus se encontraron una constelación de mutaciones inquietantes. La ómicron tiene alteraciones que pueden hacerla, quizás, más contagiosa y elusiva al sistema inmune. Estos datos se recogieron y circularon en cuestión de días, que es otra innovación, como explica Comas: “La secuenciación la podemos hacer casi en tiempo real. No te dice lo que pasó, sino lo que está pasando. Tiene un impacto directo en el control epidemiológico: la identificación temprana de variantes como alfa, delta u ómicron son un ejemplo claro. Es un potencial que en la investigación conocíamos, pero que ha necesitado una pandemia para materializarse”.

Comparativa de la variante ómicron (B11529) con alpha, beta, gamma y delta. La ómicron tiene el número más alto de mutaciones en la espícula.
Comparativa de la variante ómicron (B11529) con alpha, beta, gamma y delta. La ómicron tiene el número más alto de mutaciones en la espícula.NFERENCE

A estos méritos de la genómica hay que sumar otro: la secuenciación del virus trajo las primeras vacunas de mRNA.

En enero de 2020, unos científicos chinos tomaron una muestra de un paciente de la misteriosa enfermedad, para secuenciar todo lo que hubiese allí: “Nos llevó menos de 40 horas. Fue muy, muy rápido”, explicó luego el profesor Zhang Yongzhen. Encontraron un nuevo coronavirus y consiguieron su código genético, que un colega australiano compartió en una base de datos, con este tuit histórico del 11 de enero de 2020. Ese mismo día, a miles de kilómetros, los equipos de Moderna y Pfizer–BioNTech empezaron a trabajar para traer las vacunas más rápidas de la historia.

La expectativa es que en los próximos años las aplicaciones se multipliquen.

Por ejemplo, la secuenciación volverá a ser un salvavidas si el virus consigue mutar para escapar a las vacunas actuales. Me lo recordó Marta Tortajada, investigadora de la compañía ADM Biopolis: “Secuenciar será la base para actualizarlas. Conocer los cambios del virus es lo que nos permite modificar su diseño para que mantengan toda la efectividad”.

Hay secuenciadores portátiles que se podrán usar en vigilancia epidemiológica donde haga falta responder deprisa, aunque sean lugares sin laboratorios cerca. Podemos fantasear con un rastreo futurista, que trace las cadenas de infección sabiendo con certeza quién contagió a quién. La tecnología prácticamente está aquí: el primer caso de ómicron en España, el que confirmó el lunes el hospital Gregorio Marañón, parece que se detectó con un dispositivo minION, que es un aparato no mucho más grande que una USB.

Cuando le pido a Comas que haga futurismo, habla de usar la genómica para afrontar la resistencia a antibióticos de superbacterias, que es un problema grave y creciente. Leer ADN y ARN puede acabar siendo tan rutinario como una PCR. Y si es así, ¿no acabaremos atacando cada infección de manera doblemente individualizada? Tendremos el código genético del patógeno y el de su hospedador, que seremos tú o yo.

La paradoja con estos avances es que son menos visibles que un robot friegasuelos o una red social. La palabra tecnología nos trae a la cabeza televisores y teléfonos; o lo que hagan Apple, Google y Amazon. Pero también es tecnología un portabebés más seguro, un panel solar diez veces más eficiente, o estás máquinas que leen genomas, que ayudaron a traer las primeras vacunas y que ahora vigilan los trucos del virus.